El Proyecto del Túnel de Aburra-Oriente, ha tenido por parte de diferentes organismos señalamientos, en cuanto a su diseño e impacto ambiental. Desde la Asamblea de Antioquia ha tenido diferentes debates y controles por parte de los diputados.
Dos de aristas que más ha suscitado escollo es el derrame de valorización y los constantes cambios en los diseños, lo que ha hecho que la licencia ambiental haya sido cambiada varias veces, desde el planteamiento del proyecto.
Según Jorge Gómez Gallego, diputado de la Asamblea Departamental, el Túnel de Oriente es un negocio, que en 1997, de acuerdo el diputado “el entonces Gobernador de Antioquia, Álvaro Uribe Vélez le entrego a unos amigos de él, que son los principales accionistas, como William Vélez Sierra (dueño de Eléctricas de Medellín) y Jairo Correa (dueño de Inversiones y Construcciones 
El Cóndor) que a su vez son los dueños de OPAIN, ODINSA, Autopistas del Sol. Grandes concesiones y de empresas de recolección de basura y de transporte de energía. Estos personajes tienen en concesión una obra que les puede aportar utilidades cercanas a los 600.000 millones de pesos en el solo túnel. Concesión que va hasta el 2037 y en la que ellos no ponen ni un peso, todos los recursos los pone el Estado y los ciudadanos, a través de los peajes. Este negociado del túnel, ni siquiera ha resuelto los problemas ambientales, que los habitantes de Santa Elena han tratado de hacerle ver a la Gobernación”
Los que tienen la concesión del túnel, para este Diputado, han incurrido en tantas irregularidades que debería pararse, hacer los estudios para ver cuál es el impacto ambiental real y financiarla de otra forma, sin valorización. “El estado podría declarar la caducidad del contrato y hacerlo por licitación de obra pública, si es que considera que es tan importante, efectuando los estudios que garanticen que no va a ver perdida de agua, vegetación y animales en la zona afectada” afirma Gómez Gallego.
Otro de los Asambleístas que ha hecho seguimiento a este proyecto es Rogelio Zapata Alzate, en cual ha insistido constantemente en que este proyecto debe ser más concertado con las comunidades. Haciendo especial énfasis en las que habitan en esta Región. “Esta proyecto tiene un altísimo componente político, lo que lleva a que los representantes de las comunidades estén más involucrados y organizados, para hacerle el debido control y las observaciones que este proyecto pueda tener” dice Zapata Alzate. Este diputado también ha hecho un llamado en sus diferentes intervenciones, al cuidado y el seguimiento que deben Cornare y los ciudadanos en cuanto a los caudales de los ríos y quebrada que están dentro de los planos del Túnel.
Rodrigo Mesa Cadavid uno de los diputados con mayor experiencia en la Asamblea, ha sido un férreo defensor del no cobro, ni de la valorización del túnel, ni de las obras complementarias que comprenden la Fase 4 del Proyecto. “El túnel y las obras 
complementarias deben ser financiados por el Estado y no como pretenden hacerlo cobrándole por las obras, a personas que no tienen como pagarlas, además eso es responsabilidad del Estado. Incluso los peajes ya se los entregaron hace muchos años a un concesionario para hacer esa vía. Para eso recauda tantos impuestos el gobierno incluyendo el de catastro que es tan alto en estos municipios del Oriente, como lo es el caso de El Carmen de Viboral” Argumenta el diputado.
Para Mauricio Valencia, Secretario de Infraestructura de Antioquia, dice que las obras complementarias no se deberían llamar así. Según Valencia “ (…)Estas obras son necesarias para la conectividad de un sistema integral en el Oriente” Para el Secretario, el apoyo de los diferentes estamentos, en cuanto a los mecanismos de control, es una muestra del interés que tienen ellos, para concebir una idea de “desarrollo” integral contemplando las vías del Oriente, como eje fundamental de ese Proyecto. 
Además agrego el funcionario: “(…) el respaldo que se le dio a un subsidio social de los que más tienen, (en términos de dinero) para que los más pobres no aporten un peso. Esto sobre el tema de valorización, cuyo costo es de 50 mil millones. Esto significaría que 164 propietarios los que aportarían esos recursos”
El panorama para el Proyecto Túnel de Aburra-Oriente, se vuelve aun más confuso, ya que la Contraloría General de la República, el pasado 17 de junio, emitió una Función de Advertencia (2014EE0105363), a diferentes estamentos gubernamentales e instituciones relacionadas con el mismo, en este indica, entre otras observaciones, que:
“Se advierte que de continuar la situación de omisión a sus funciones, objeto y finalidad de cada una de las entidades advertidas frente a la amenaza potencial al medio ambiente que configura la construcción del “Proyecto Túnel de Oriente”, con los aspectos señalados en precedencia, se podría estar generando daño al patrimonio estatal, al considerar el agua superficial y subterránea bienes de la nación, además de afectar derechos fundamentales y sociales de los habitantes del corregimiento de Santa Elena, y de los Valles de Aburra y San Nicolás. Así mismo, se eleva advertencia sobre la inobservancia de los fines esenciales del Estado y los principios que rigen la Función Administrativa, previstos en los artículos 2 y 209 de la Constitución Política.” Dice parte del texto del ente de control y vigilancia.
Cornare respondió a la Contraloría, argumentando que las indagaciones que se hicieron por parte de este organismo, son basadas 
en informaciones de que no están actualizadas. Javier Parra Bedoya, subdirector de recursos naturales de Cornare, dice: “Desde la Corporación dimos respuesta a la Contralora Sandra Morelli Rico, y con todo el espeto le pedimos que revise el documento pues hay inconsistencias dentro de la Función de Advertencia, porque no se revisaron los últimos documentos, que dan cuenta de que si existen cada una de las cosas que están planteando” Según el funcionario desde la Corporación se estarán adelantando las medidas de control necesarias para hacerle seguimiento al impacto ambiental que haya en el transcurso y finalización de la obra. Además se conformó un equipo interinstitucional de profesionales de Cornare, Corantioquia y el Área Metropolitana, para hacerle seguimiento al plan de manejo ambiental.
Entre tanto la Veeduría Ciudadana sobre el Proyecto Conexión Vial Túnel Aburrá-Oriente, en diferentes espacios ha manifestado ante las comunidades, instituciones públicas y privadas, los múltiples riesgos, no solo ambientales, que el proyecto trae consigo, además hace especial énfasis en los constantes cambios que ha tenido el proyecto y su licencia ambiental. “Los cambios en el diseño que no estaban aprobados en un principio, hacen aún más peligroso este proyecto, dado que son mucho más invasivos con la tierra, afectando de manera considerable la Reserva Forestal Protectora Nacional del Río Nare, área que nos benefician a todos hoy y a las generaciones futuras, como parte del sustento natural de la Vida” dicen los representantes de este grupo de Veeduría ciudadana.
